تأسست لتعمل في إطار السياسة العامة للدولة والبرامج التي يضعها المجلس القومي على تحصيل العلم وتدريسه وتطوير مناهجه ونشره وذلك بغرض خدمة البلاد وتنمية مواردها ونهضتها فكرياً وعلمياً واجتماعياً وثقافياً ومع عدم الإخلال بعموم ما تقدم تعمل الجامعة على تحقيق أغراض منها تأكيد هوية الأمة وتأصيلها من خلال المناهج التي تقرها الجامعة وتطبقها، وإجراء البحوث العلمية والتطبيقية المرتبطة بحاجات المجتمع والمتجددة في سبيل خدمته والارتقاء به، وابتكار التقنية وتوظيفها لخدمة المجتمع السوداني بالتعاون مع الجامعات ومؤسسات التعليم العالي والبحث العلمي والبحث العلمي الأخرى بالبلاد. 

أيضاً الاهتمام بالبيئة السودانية عامة وبيئة ولاية جنوب دارفور خاصة وتأهيل الكادر القادر على ترقيتها وحل قضايا الولاية المتعلقة بالبيئة، والتفاعل مع المواطن في الريف بتفهم مشاكله والاعتراف بمعرفته وخبرته والعمل معه على تطويرها وفق حاجته وقيمه، والاهتمام بعلوم الطب والأرض والموارد الطبيعية في إطار الاهتمام بتنمية السودان،و الاهتمام بقضايا التنمية البشرية والفكرية والقيم الدينية، وإعداد الطلاب ومنحهم الدرجات العلمية.