في عام ١٩٩٣ تم تقسيم إقليم دارفور إلى ثلاث ولايات فاستقلت كل ولاية بالكلية التي فيها لتصبح نواة لجامعة، وعليه صارت الكليات المتبقية من جامعة الفاتح من سبتمبر نواة لجامعة الفاشر بحاضرة ولاية شمال دارفور .

تطورت هذه المؤسسة فانضم إلى رحابها معهد إعداد المعلمين الفاشر بمبانيه ومساحته والذي انتقلت إليه كلية التربية، تاركةً مباني شركة ريكي لإدارة الجامعة وكلية الطب، فأنشئت فيها المشرحة والمكتبة المركزية والقاعات والمعامل ونشاط الطلاب والمرافق الخدمية الأخرى. ثم أُلحقت بها مدرسة الفاشر الثانوية بمبانيها ومساحتها في العام ١٩٩٤ لتصبح نواةً لمجمع الكليات والذي يضم بداخله كلية علوم البيئة والموارد الطبيعية وكلية التنمية البشرية وكلية التربية لمعلمي الأساس. ثم توسعت الجامعة فضمت إليها مدرسة المعاونين الصحيين لتصبح نواة لكلية العلوم الصحية التطبيقية، ثم ألحقت بها مركز تدريب الشباب بالفاشر والذي يضم بداخله معهد القرآن الكريم وكلية الشريعة والقانون، بالإضافة لإنشاء المراكز البحثية وأيضاً المزارع التجريبية في كل من ساق النعام وكبكابية ثم المدينة الجامعية لسكن الطلاب والطالبات وسكن الأساتذة.